AT2G18300.2
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein; FUNCTIONS IN: sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: response to cytokinin stimulus, regulation of transcription; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: 13 plant structures; EXPRESSED DURING: 8 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Helix-loop-helix DNA-binding domain (InterPro:IPR001092), Helix-loop-helix DNA-binding (InterPro:IPR011598); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: BR enhanced expression 2 (TAIR:AT4G36540.1); Has 2064 Blast hits to 2056 proteins in 122 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 81; Fungi - 43; Plants - 1919; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 17 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:7953022..7954446 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 37748.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 337 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLEGLVSQES LSLNSMDMSV LERLKWVQQQ QQQLQQVVSH SSNNSPELLQ ILQFHGSNND ELLESSFSQF QMLGSGFGPN YNMGFGPPHE SISRTSSCHM 101: EPVDTMEVLL KTGEETRAVA LKNKRKPEVK TREEQKTEKK IKVEAETESS MKGKSNMGNT EASSDTSKET SKGASENQKL DYIHVRARRG QATDRHSLAE 201: RARREKISKK MKYLQDIVPG CNKVTGKAGM LDEIINYVQC LQRQVEFLSM KLAVLNPELE LAVEDVSVKQ FQAYFTNVVA SKQSIMVDVP LFPLDQQGSL 301: DLSAINPNQT TSIEAPSGSW ETQSQSLYNT SSLGFHY |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)