AT2G17730.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 0.986 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : NEP-interacting protein 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Intrinsic thylakoid membrane protein that fixes RPOTmp on the stromal side of the thylakoid membrane. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
NEP-interacting protein 2 (NIP2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RING/U-box superfamily protein (TAIR:AT4G35840.1); Has 9242 Blast hits to 9216 proteins in 266 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 2260; Fungi - 688; Plants - 5081; Viruses - 18; Other Eukaryotes - 1193 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:7704142..7705312 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 25804.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.99 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 241 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASSSSSSYR FQSGSYPLSS SPSLGNFVER IKDACHFLVS AVLGTIISAI LTFFFALVGT LLGALTGALI GQETESGFIR GAAIGAISGA VFSIEVFESS 101: LDLWKSDESG FGCFLYLIDV IVSLLSGRLV RERIGPAMLS AVQSQMGAVD TAFDDHTSLF DTGGSKGLTG DLVEKIPKMT ITGNNNTDAS ENTDSCSVCL 201: QDFQLGETVR SLPHCHHMFH LPCIDNWLLR HGSCPMCRRD I |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)