AT2G17033.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pentatricopeptide repeat (InterPro:IPR002885), Smr protein/MutS2 C-terminal (InterPro:IPR002625); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein (TAIR:AT5G48730.1); Has 2363 Blast hits to 1770 proteins in 90 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 2; Fungi - 0; Plants - 2346; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 15 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:7401205..7403207 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 56530.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 505 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAALIQTIHG GVVVTRTLTL VYPSTFTSRH KALNQMTSSS NSGLRRFLFT PPQRLSQGIC YWGAELSNNV SWTYKTKMVV RSKAGAVPLM KHGDRFLSSL 101: SSPALAGDPS AINRHIKKFV AASPKSVALN VLSHLLSDQT SHPHLSFFAL SLYSEITEAS WFDWNPKLIA ELIALLNKQE RFDESETLLS TAVSRLKSNE 201: RDFTLFLCNL VESNSKQGSI QGFSEASFRL REIIQRSSSV YVKTQAYKSM VSGLCNMDQP HDAERVIEEM RMEKIKPGLF EYKSVLYGYG RLGLFDDMNR 301: VVHRMGTEGH KIDTVCSNMV LSSYGAHDAL PQMGSWLQKL KGFNVPFSIR TYNSVLNSCP TIISMLKDLD SCPVSLSELR TFLNEDEALL VHELTQSSVL 401: DEAIEWNAVE GKLDLHGMHL SSSYLILLQW MDETRLRFSE EKCVIPAEIV VVSGSGKHSN VRGESPVKAL VKKIMVRTGS PMRIDRKNVG SFIAKGKTVK 501: EWLCK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)