AT2G07750.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : DEA(D/H)-box RNA helicase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
DEA(D/H)-box RNA helicase family protein; FUNCTIONS IN: helicase activity, nucleic acid binding, ATP binding, ATP-dependent helicase activity; LOCATED IN: chloroplast; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA helicase, DEAD-box type, Q motif (InterPro:IPR014014), DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal (InterPro:IPR011545), DEAD-like helicase, N-terminal (InterPro:IPR014001), DNA/RNA helicase, C-terminal (InterPro:IPR001650), Helicase, superfamily 1/2, ATP-binding domain (InterPro:IPR014021); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DEA(D/H)-box RNA helicase family protein (TAIR:AT1G63250.1); Has 39195 Blast hits to 38550 proteins in 2967 species: Archae - 566; Bacteria - 19450; Metazoa - 5694; Fungi - 4615; Plants - 2527; Viruses - 8; Other Eukaryotes - 6335 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:3576483..3580396 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 94891.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 845 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAMAMRLPAI SRAVTEVASS PVGLRRLFCS NASRFSFLSP PARRQAEPST NLFHSGLSKR ITSERSLWNR IFSRNMGGGP RTFPGGLNKW QWKRMHEKKA 101: REKENKLLDQ EKQLYEARIR TEIRAKMWGH PDSGEKTAKL KQSHGPMSPK EHIKTLADRF MKAGADDLWN DNDGPVKKFD QGSRSCSDSI DSTPIDVRRL 201: VSATCDSMGK HRVLDSSRRG FSSMSRFKRN ESSCDEGDDV DAKKLDTLSP FSPKFSGTKE KVKSSTSVVG VIRNKGLFGR RKFRKNDSST EEDSDEEGNE 301: GKMIGWMDLR KTGSSASLGN HDIKLTKRVN RNVTDEELYP PLDINRVRED LSKKQSVDNV MEEKQEPHDS IYSAKRFDES CISPLTLKAL SASGIVKMTR 401: VQDATLSECL DGKDALVKAK TGTGKSMAFL LPAIETVLKA MNSGKGVHKV APIFVLILCP TRELASQIAA EGKALLKNHD GIGVQTLIGG TRFRLDQQRL 501: ESEPCQILIA TPGRLLDHIE NKSGLTSRLM ALKLFIVDEA DLLLDLGFKR DVEKIIDCLP RQRQSLLFSA TIPKEVRRVS QLVLKRDHSY IDTIGLGCVE 601: THDKVKQSCI VAPHESHFHL VPHLLKEHIN NMPDYKIIVF CSTGMVTSLM YTLLREMKLN VREIHARKPQ LHRTCVSDEF KESNRLILVT SDVSARGMNY 701: PDVTLVIQVG IPSDREQYIH RLGRTGREGK GGKGLLLIAP WERYFLDELK DLPLEPIPAP DLDSRVKHQV DQSMAKIDTS IKEAAYHAWL GYYNSVRETG 801: RDKTTLAELA NRFCHSIGLE KPPALFRRTA VKMGLKGISG IPIRK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)