AT2G04030.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Chaperone protein htpG family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a chloroplast-targeted 90-kDa heat shock protein located in the stroma involved in red-light mediated deetiolation response. Mutants are resistant to chlorate, have elongated hypocotyls in light, and affect the expression of NR2, CAB, and RBCS but NOT NR1 and NiR. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
CR88; FUNCTIONS IN: ATP binding; INVOLVED IN: in 7 processes; LOCATED IN: mitochondrion, chloroplast stroma, plasma membrane, chloroplast, chloroplast envelope; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Chaperone protein htpG (InterPro:IPR001404), Heat shock protein Hsp90, conserved site (InterPro:IPR019805), Heat shock protein Hsp90, C-terminal (InterPro:IPR020576), Heat shock protein Hsp90, N-terminal (InterPro:IPR020575), Ribosomal protein S5 domain 2-type fold (InterPro:IPR020568), ATPase-like, ATP-binding domain (InterPro:IPR003594); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: HEAT SHOCK PROTEIN 89.1 (TAIR:AT3G07770.1); Has 8908 Blast hits to 8859 proteins in 2447 species: Archae - 4; Bacteria - 3393; Metazoa - 2086; Fungi - 314; Plants - 461; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2650 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:1281983..1285909 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 88261.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 777 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAPALSRSLY TSPLTSVPIT PVSSRLSHLR SSFLPHGGAL RTGVSCSWNL EKRCNRFAVK CDAAVAEKET TEEGSGEKFE YQAEVSRLLD LIVHSLYSHK 101: EVFLRELVSN ASDALDKLRF LSVTEPSLLG DGGDLEIRIK PDPDNGTITI TDTGIGMTKE ELIDCLGTIA QSGTSKFLKA LKENKDLGAD NGLIGQFGVG 201: FYSAFLVAEK VVVSTKSPKS DKQYVWESVA DSSSYLIREE TDPDNILRRG TQITLYLRED DKYEFAESTR IKNLVKNYSQ FVGFPIYTWQ EKSRTIEVEE 301: DEPVKEGEEG EPKKKKTTKT EKYWDWELAN ETKPLWMRNS KEVEKGEYNE FYKKAFNEFL DPLAHTHFTT EGEVEFRSIL YIPGMGPLNN EDVTNPKTKN 401: IRLYVKRVFI SDDFDGELFP RYLSFVKGVV DSDDLPLNVS REILQESRIV RIMRKRLIRK TFDMIQEISE SENKEKFWEN FGRFLKLGCI EDTGNHKRIT 501: PLLRFFSSKN EEELTSLDDY IENMGENQKA IYYLATDSLK SAKSAPFLEK LIQKDIEVLY LVEPIDEVAI QNLQTYKEKK FVDISKEDLE LGDEDEVKDR 601: EAKQEFNLLC DWIKQQLGDK VAKVQVSNRL SSSPCVLVSG KFGWSANMER LMKAQALGDT SSLEFMRGRR ILEINPDHPI IKDLNAACKN APESTEATRV 701: VDLLYDTAII SSGFTPDSPA ELGNKIYEMM AMAVGGRWGR VEEEEESSTV NEGDDKSGET EVVEPSEVRA ESDPWQD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)