AT2G03880.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 ASURE: mitochondrion What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pentatricopeptide repeat (InterPro:IPR002885); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein (TAIR:AT3G24000.1); Has 41924 Blast hits to 14587 proteins in 276 species: Archae - 3; Bacteria - 26; Metazoa - 84; Fungi - 128; Plants - 40967; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 716 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:1181560..1183452 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 71703.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 630 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKSVMSKIKL FRPVVTLRCS YSSTDQTLLL SEFTRLCYQR DLPRAMKAMD SLQSHGLWAD SATYSELIKC CISNRAVHEG NLICRHLYFN GHRPMMFLVN 101: VLINMYVKFN LLNDAHQLFD QMPQRNVISW TTMISAYSKC KIHQKALELL VLMLRDNVRP NVYTYSSVLR SCNGMSDVRM LHCGIIKEGL ESDVFVRSAL 201: IDVFAKLGEP EDALSVFDEM VTGDAIVWNS IIGGFAQNSR SDVALELFKR MKRAGFIAEQ ATLTSVLRAC TGLALLELGM QAHVHIVKYD QDLILNNALV 301: DMYCKCGSLE DALRVFNQMK ERDVITWSTM ISGLAQNGYS QEALKLFERM KSSGTKPNYI TIVGVLFACS HAGLLEDGWY YFRSMKKLYG IDPVREHYGC 401: MIDLLGKAGK LDDAVKLLNE MECEPDAVTW RTLLGACRVQ RNMVLAEYAA KKVIALDPED AGTYTLLSNI YANSQKWDSV EEIRTRMRDR GIKKEPGCSW 501: IEVNKQIHAF IIGDNSHPQI VEVSKKLNQL IHRLTGIGYV PETNFVLQDL EGEQMEDSLR HHSEKLALAF GLMTLPIEKV IRIRKNLRIC GDCHVFCKLA 601: SKLEIRSIVI RDPIRYHHFQ DGKCSCGDYW |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)