AT2G02080.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.999 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : indeterminate(ID)-domain 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
indeterminate(ID)-domain 4 (IDD4); FUNCTIONS IN: sequence-specific DNA binding transcription factor activity; LOCATED IN: intracellular; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, C2H2-like (InterPro:IPR015880), Zinc finger, C2H2-type (InterPro:IPR007087), Zinc finger, double-stranded RNA binding (InterPro:IPR022755); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: C2H2-like zinc finger protein (TAIR:AT1G14580.2); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:518328..520619 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 47580.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.49 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.63 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 439 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATNRFICDV CNKGFQREQN LQLHRRGHNL PWKLKQKSTK EVKRKVYLCP EPTCVHHDPS RALGDLTGIK KHYYRKHGEK KWKCEKCSKR YAVQSDWKAH 101: SKTCGTKEYR CDCGTIFSRR DSYITHRAFC DALIQETARN PTVSFTSMTA ASSGVGSGGI YGRLGGGSAL SHHHLSDHPN FGFNPLVGYN LNIASSDNRR 201: DFIPQSSNPN FLIQSASSQG MLNTTPNNNN QSFMNQHGLI QFDPVDNINL KSSGTNNSFF NLGFFQENTK NSETSLPSLY STDVLVHHRE ENLNAGSNVS 301: ATALLQKATQ MGSVTSNDPS ALFRGLASSS NSSSVIANHF GGGRIMENDN NGNLQGLMNS LAAVNGGGGS GGSIFDVQFG DNGNMSGSDK LTLDFLGVGG 401: MVRNVNRGGG GGGRGSARGG VSLDGEAKFP EQNYPFGRG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)