AT2G02010.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.999 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : glutamate decarboxylase 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
glutamate decarboxylase 4 (GAD4); FUNCTIONS IN: calmodulin binding; INVOLVED IN: carboxylic acid metabolic process, glutamate metabolic process, glutamate decarboxylation to succinate; LOCATED IN: cytosol, nucleus; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain (InterPro:IPR015424), Pyridoxal phosphate-dependent decarboxylase (InterPro:IPR002129), Glutamate decarboxylase (InterPro:IPR010107), Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1 (InterPro:IPR015421); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: glutamate decarboxylase 3 (TAIR:AT2G02000.1); Has 2849 Blast hits to 2845 proteins in 876 species: Archae - 190; Bacteria - 1701; Metazoa - 147; Fungi - 354; Plants - 286; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 168 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:474375..476495 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 56008.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 493 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVLSKTVSES DVSIHSTFAS RYVRNSLPRF EMPENSIPKE AAYQIINDEL MLDGNPRLNL ASFVTTWMEP ECDKLMMESI NKNYVDMDEY PVTTELQNRC 101: VNMIARLFNA PLGDGEAAVG VGTVGSSEAI MLAGLAFKRQ WQNKRKAQGL PYDKPNIVTG ANVQVCWEKF ARYFEVELKE VNLREDYYVM DPVKAVEMVD 201: ENTICVAAIL GSTLTGEFED VKLLNDLLVE KNKQTGWDTP IHVDAASGGF IAPFLYPELE WDFRLPLVKS INVSGHKYGL VYAGIGWVVW RTKTDLPDEL 301: IFHINYLGAD QPTFTLNFSK GSSQVIAQYY QLIRLGFEGY RNVMDNCREN MMVLRQGLEK TGRFKIVSKE NGVPLVAFSL KDSSRHNEFE VAHTLRRFGW 401: IVPAYTMPAD AQHVTVLRVV IREDFSRTLA ERLVADFEKV LHELDTLPAR VHAKMANGKV NGVKKTPEET QREVTAYWKK LLETKKTNKN TIC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)