AT2G01940.3
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : C2H2-like zinc finger protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
May be involved in an early event in shoot gravitropism such as gravity perception and/or a signaling process subsequent to amyloplast sedimentation as a putative transcription factor in gravity-perceptive cells. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
SHOOT GRAVITROPISM 5 (SGR5); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, C2H2-like (InterPro:IPR015880), Zinc finger, C2H2-type (InterPro:IPR007087); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: indeterminate(ID)-domain 14 (TAIR:AT1G68130.1); Has 13187 Blast hits to 8766 proteins in 255 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 12025; Fungi - 55; Plants - 746; Viruses - 1; Other Eukaryotes - 360 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr2:+:432652..434917 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 50269.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.83 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 446 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRTDQVMLSN KNTNTCCVVS SSSSDPFLSS SENGVTTTNT STQKRKRRPA GTPDPDAEVV SLSPRTLLES DRYICEICNQ GFQRDQNLQM HRRRHKVPWK 101: LLKRDNNIEV KKRVYVCPEP TCLHHNPCHA LGDLVGIKKH FRRKHSNHKQ WVCERCSKGY AVQSDYKAHL KTCGTRGHSC DCGFFSSFRV ESFIEHQDNC 201: SARRVHREPP RPPQTAVTVP ACSSRTASTV STPSSETNYG GTVAVTTPQP LEGRPIHQRI SSSILTNSSN NLNLELQLLP LSSNQNPNQE NQQQKVKEPS 301: HHHNHNHDTT NLNLSIAPSS SYQHYNNFDR IKEIMASEQI MKIAMKEKAY AEEAKREAKR QREIAENEFA NAKKIRQKAQ AELERAKFLK EQSMKKISST 401: IMQVTCQTCK GQFQAVAVPA ATADETSLVV SYMSSANTDG ELENGF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)