AT2G01720.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Ribophorin I | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Ribophorin I; FUNCTIONS IN: oligosaccharyl transferase activity, dolichyl-diphosphooligosaccharide-protein glycotransferase activity; INVOLVED IN: protein amino acid glycosylation; LOCATED IN: endoplasmic reticulum, plasma membrane, plant-type cell wall; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribophorin I (InterPro:IPR007676); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ribophorin I (TAIR:AT1G76400.1); Has 386 Blast hits to 386 proteins in 178 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 143; Fungi - 127; Plants - 63; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 53 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr2:-:317193..320016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 52221.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.63 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 464 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAARIGIFSV FVAVLLSISA FSSAQDLQIV NAERRIDLSS HIVKAFLTLK VENIGKDPAA EMLLAFPPTQ IKNLAMVQAL ATTGKKKKKT YLPLDVKPTE 101: QPDAPNDTGY YRVTFISPLG PGETVSLEVL YILTHSLEPF PVEITQSESQ LVYYHDSAVI LSPYHVKQQT TFIKTPSTRV ESFTSIEPAN RAGKEIKYGP 201: YENRASYSYT PVIIHFENNS PFAVVEELVR EIEISHWGSL QITENYRLTH GGARHKGVFS RVDYQSKRSV SGASSFNALL AVLPPRVNSV YYRDEIGNIS 301: TSHLRTGFRK SELEFEPRYP LFGGWSATFI IGYRVPLEDY LFEASDGRRY LNFTFGCPLV ETIVNKLTIK VVLPEGSKDP SAVLPFTVNQ ELQVKYSYLD 401: IVGRTVVVLQ KDNVVPTHNV PFQVYYTFKP IYMLAEPFML VSAFFLVFVA SLAYVHIDLN IVRK |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)