AT1G80740.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : chromomethylase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
ecotype Kl-0 chromomethylase (CMT1). A plant line expressing an RNAi construct directed against DMT4 has reduced agrobacterium-mediated tumor formation. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
chromomethylase 1 (CMT1); FUNCTIONS IN: chromatin binding, DNA binding; INVOLVED IN: DNA mediated transformation, DNA methylation; LOCATED IN: chromatin, nucleus; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Chromo domain subgroup (InterPro:IPR017984), DNA methylase, C-5 cytosine-specific (InterPro:IPR001525), Chromo domain-like (InterPro:IPR016197), Bromo adjacent homology (BAH) domain (InterPro:IPR001025), Chromo domain (InterPro:IPR000953); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: chromomethylase 3 (TAIR:AT1G69770.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:30342394..30346831 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 89223.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 791 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAARNKQKKR AEPESDLCFA GKPMSVVEST IRWPHRYQSK KTKLQAPTKK PANKGGKKED EEIIKQAKCH FDKALVDGVL INLNDDVYVT GLPGKLKFIA 101: KVIELFEADD GVPYCRFRWY YRPEDTLIER FSHLVQPKRV FLSNDENDNP LTCIWSKVNI AKVPLPKITS RIEQRVIPPC DYYYDMKYEV PYLNFTSADD 201: GSDASSSLSS DSALNCFENL HKDEKFLLDL YSGCGAMSTG FCMGASISGV KLITKWSVDI NKFACDSLKL NHPETEVRNE AAEDFLALLK EWKRLCEKFS 301: LVSSTEPVES ISELEDEEVE ENDDIDEAST GAELEPGEFE VEKFLGIMFG DPQGTGEKTL QLMVRWKGYN SSYDTWEPYS GLGNCKEKLK EYVIDGFKSH 401: LLPLPGTVYT VCGGPPCQGI SGYNRYRNNE APLEDQKNQQ LLVFLDIIDF LKPNYVLMEN VVDLLRFSKG FLARHAVASF VAMNYQTRLG MMAAGSYGLP 501: QLRNRVFLWA AQPSEKLPPY PLPTHEVAKK FNTPKEFKDL QVGRIQMEFL KLDNALTLAD AISDLPPVTN YVANDVMDYN DAAPKTEFEN FISLKRSETL 601: LPAFGGDPTR RLFDHQPLVL GDDDLERVSY IPKQKGANYR DMPGVLVHNN KAEINPRFRA KLKSGKNVVP AYAISFIKGK SKKPFGRLWG DEIVNTVVTR 701: AEPHNQCVIH PMQNRVLSVR ENARLQGFPD CYKLCGTIKE KYIQVGNAVA VPVGVALGYA FGMASQGLTD DEPVIKLPFK YPECMQAKDQ I |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)