AT1G80330.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.905 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : gibberellin 3-oxidase 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with gibberellin 3-oxidase activity. The enzyme, expressed and purified in E.coli, was shown to catalyze the 3β-hydroxylation of GA20 into GA29. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
gibberellin 3-oxidase 4 (GA3OX4); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Isopenicillin N synthase (InterPro:IPR002283), Oxoglutarate/iron-dependent oxygenase (InterPro:IPR005123); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: gibberellin 3-oxidase 1 (TAIR:AT1G15550.1); Has 8413 Blast hits to 8377 proteins in 994 species: Archae - 0; Bacteria - 1114; Metazoa - 109; Fungi - 995; Plants - 4899; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1296 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:30198061..30199537 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 39154.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.58 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 355 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MPSLAEEICI GNLGSLQTLP ESFTWKLTAA DSLLRPSSAV SFDAVEESIP VIDLSNPDVT TLIGDASKTW GAFQIANHGI SQKLLDDIES LSKTLFDMPS 101: ERKLEAASSD KGVSGYGEPR ISPFFEKKMW SEGFTIADDS YRNHFNTLWP HDHTKYCGII QEYVDEMEKL ASRLLYCILG SLGVTVEDIE WAHKLEKSGS 201: KVGRGAIRLN HYPVCPEPER AMGLAAHTDS TILTILHQSN TGGLQVFREE SGWVTVEPAP GVLVVNIGDL FHILSNGKIP SVVHRAKVNH TRSRISIAYL 301: WGGPAGDVQI APISKLTGPA EPSLYRSITW KEYLQIKYEV FDKAMDAIRV VNPTN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)