AT1G79440.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 ASURE: mitochondrion What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : aldehyde dehydrogenase 5F1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a mitochondrial succinic semialdehyde dehydrogenase (SSADH). Nomenclature according to Kirch, et al (2004). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
aldehyde dehydrogenase 5F1 (ALDH5F1); FUNCTIONS IN: 3-chloroallyl aldehyde dehydrogenase activity, NAD or NADH binding, copper ion binding, succinate-semialdehyde dehydrogenase activity; INVOLVED IN: in 6 processes; LOCATED IN: mitochondrion, chloroplast, mitochondrial matrix; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Aldehyde/histidinol dehydrogenase (InterPro:IPR016161), Aldehyde dehydrogenase (InterPro:IPR015590), Aldehyde dehydrogenase, N-terminal (InterPro:IPR016162), Aldehyde dehydrogenase, conserved site (InterPro:IPR016160), Succinic semialdehyde dehydrogenase (InterPro:IPR010102); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: aldehyde dehydrogenase 2B4 (TAIR:AT3G48000.1); Has 62487 Blast hits to 62143 proteins in 3037 species: Archae - 481; Bacteria - 36218; Metazoa - 2614; Fungi - 2131; Plants - 1502; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 19541 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:29882525..29887275 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 56562.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.91 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 528 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVIGAAARVA IGGCRKLISS HTSLLLVSSQ CRQMSMDAQS VSEKLRSSGL LRTQGLIGGK WLDSYDNKTI KVNNPATGEI IADVACMGTK ETNDAIASSY 101: EAFTSWSRLT AGERSKVLRR WYDLLIAHKE ELGQLITLEQ GKPLKEAIGE VAYGASFIEY YAEEAKRVYG DIIPPNLSDR RLLVLKQPVG VVGAITPWNF 201: PLAMITRKVG PALASGCTVV VKPSELTPLT ALAAAELALQ AGVPPGALNV VMGNAPEIGD ALLTSPQVRK ITFTGSTAVG KKLMAAAAPT VKKVSLELGG 301: NAPSIVFDDA DLDVAVKGTL AAKFRNSGQT CVCANRVLVQ DGIYDKFAEA FSEAVQKLEV GDGFRDGTTQ GPLINDAAVQ KVETFVQDAV SKGAKIIIGG 401: KRHSLGMTFY EPTVIRDVSD NMIMSKEEIF GPVAPLIRFK TEEDAIRIAN DTIAGLAAYI FTNSVQRSWR VFEALEYGLV GVNEGLISTE VAPFGGVKQS 501: GLGREGSKYG MDEYLEIKYV CLGDMNRH |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)