AT1G79340.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : metacaspase 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
metacaspase 4 (MC4); FUNCTIONS IN: cysteine-type peptidase activity; INVOLVED IN: proteolysis; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 26 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase C14, caspase catalytic (InterPro:IPR011600); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: metacaspase 5 (TAIR:AT1G79330.1); Has 1195 Blast hits to 1161 proteins in 285 species: Archae - 6; Bacteria - 340; Metazoa - 3; Fungi - 271; Plants - 332; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 243 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:29842849..29844368 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 45486.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 418 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTKKAVLIGI NYPGTKAELR GCVNDVRRMY KCLVERYGFS EENITVLIDT DESSTQPTGK NIRRALADLV ESADSGDVLV VHYSGHGTRL PAETGEDDDT 101: GFDECIVPCD MNLITDDDFR DLVDKVPPGC RMTIISDSCH SGGLIDEAKE QIGESTKKEA EDEDESEESS SRFGFRKFLR SKVEGAIESR GFHIGGNKKD 201: EDEAEEIETK EIELEDGETI HAKDKSLPLQ TLIDILKQQT GNDNIEVGKI RPSLFDAFGD DSSPKVKKFM KVILGKLQAG NGEEGGLMGM LGKLASGFLE 301: GKLNDEDYVK PAMQTHVGSK EEVYAGGSRG SVPLPDSGIL ISGCQTDQTS ADATPAGKPT EAYGAMSNSI QTILEETDGE ISNREMVTRA RKALKKQGFT 401: QQPGLYCHDG YANAPFIC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)