AT1G79320.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.882 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : metacaspase 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
metacaspase 6 (MC6); FUNCTIONS IN: cysteine-type endopeptidase activity; INVOLVED IN: proteolysis; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: stem, root; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase C14, caspase catalytic (InterPro:IPR011600); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: metacaspase 5 (TAIR:AT1G79330.1); Has 1177 Blast hits to 1175 proteins in 293 species: Archae - 4; Bacteria - 354; Metazoa - 0; Fungi - 270; Plants - 306; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 243 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:29836686..29837908 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 40244.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 368 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAKKALLIGI NYVGTKAELR GCVNDVRRMR ISLVERYGFS EENIKMLIDT DSSSIKPTGK NIRQALLDLV EPAKSGDVLF VHYSGHGTRL PAETGEDDDT 101: GYDECIVPSD MNLITDDDFR DLVDMVPKDC PITIISDSCH SGGLIDEAKE QIGESTKKKK DSGDSSTINK ETEAEIIEVG NRSLPLETLI DMLKQETGND 201: DIEVGKIRTT LFDMFGDDSS PKVKKFMNVI LSNLQETTTT IQTVSDEVLG SVENLAQEFL EQKLSDDVKP AIQDVYAGAI NGALPDNGIL ISGCQTDQTS 301: SDASPPGHPE LAYGALTNAI QIIIGETKGK ISNKDLVLKA RKLLRKQGFD QRPGLYCNDA YVNARFIC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)