AT1G79310.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.757 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : metacaspase 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
metacaspase 7 (MC7); FUNCTIONS IN: cysteine-type endopeptidase activity; INVOLVED IN: proteolysis; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: hypocotyl, male gametophyte, root; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase C14, caspase catalytic (InterPro:IPR011600); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: metacaspase 4 (TAIR:AT1G79340.1); Has 1196 Blast hits to 1169 proteins in 284 species: Archae - 7; Bacteria - 340; Metazoa - 0; Fungi - 299; Plants - 319; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 231 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:29833986..29835412 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 45188.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.88 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.45 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 403 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAKRALLIGI NYPGTTEELQ GCVNDVHRMH KCLVDRFGFA EEDITVLIDT DESYTQPTGK NIRQALSELI KPAKSGDVLF VHYSGHGTRV PPETGEEDDT 101: GFDECIVPSD LNPIPDDDFR DLVEQVPEGC QITIVSDSCH SGGLIDEAKE QIGESTTTKP NRESKVSSFE FEFKNCLHSI FVKLLAFCGI GSSHVETREI 201: VEVGEGDEVV RSRYLPLERF IELLKQQTGQ DNIEIGKIRP TLFDVFGEDS SPKIKKFMKV ILTKLRKTND QSTLLGKIEE SARGYIEETL NDEHYMKPAM 301: QAQVKSDREI YGGRSSNGLF PDRGILLSGC QTDETSADVK KKGEAFGAFS NAIQMVLSET DHKDKITNKE MVLRAREILK KQMFIQRPGL YCNDRFVNAP 401: FIC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)