AT1G78910.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Pseudouridine synthase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Pseudouridine synthase family protein; FUNCTIONS IN: pseudouridine synthase activity; INVOLVED IN: pseudouridine synthesis, RNA modification; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pseudouridine synthase, catalytic domain (InterPro:IPR020103), Pseudouridine synthase, RsuA and RluB/C/D/E/F (InterPro:IPR006145), Pseudouridine synthase, RluC/RluD, conserved site (InterPro:IPR006224); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Pseudouridine synthase family protein (TAIR:AT3G19440.1); Has 16543 Blast hits to 16535 proteins in 2635 species: Archae - 10; Bacteria - 12720; Metazoa - 248; Fungi - 118; Plants - 203; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 3244 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:29665269..29667557 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 53804.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.93 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 478 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MWKAKTCFRQ IYLTVLIRRY SRVAPPPSSV IRVTNNVAHL GPPKQGPLPR QLISLPPFPG HPLPGKNAGA DGDDGDSGGH VTAISWVKYY FEEIYDKAIQ 101: THFTKGLVQM EFRGRRDASR EKEDGAIPMR KIKHNEVMQI GDKIWLPVSI AEMRISKRYD TIPSGTLYPN ADEIAYLQRL VRFKDSAIIV LNKPPKLPVK 201: GNVPIHNSMD ALAAAALSFG NDEGPRLVHR LDRETSGLLV MGRTKESIDY LHSVFSDYKG RNSSCKAWNK ACEAMYQQYW ALVIGSPKEK EGLISAPLSK 301: VLLDDGKTDR VVLAQGSGFE ASQDAITEYK VLGPKINGCS WVELRPITSR KHQLRVHCAE ALGTPIVGDY KYGWFVHKRW KQMPQVDIEP TTGKPYKLRR 401: PEGLDVQKGS VLSKVPLLHL HCREMVLPNI AKFLHVMNQQ ETEPLHTGII DKPDLLRFVA SMPSHMKISW NLMSSYLV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)