AT1G78190.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.996 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Trm112p-like protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Trm112p-like protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF343 (InterPro:IPR005651); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Trm112p-like protein (TAIR:AT1G22270.1); Has 414 Blast hits to 414 proteins in 194 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 149; Fungi - 129; Plants - 62; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 74 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:29418620..29418994 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 14263.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 124 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRLIVHNMLS CNIKGVVNKF PLRIEAEKVT VKEVDFNPDF LRYMFAKIDW KALVDGARSM EYTELPDNAP DTTTLESDET FLRKFHHALL ELHLEEGSLV 101: CPETGRKFSV SKGIPNMLLH EDEV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)