AT1G76650.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.999 plasma membrane 0.001 ASURE: cytosol,nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : calmodulin-like 38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
calmodulin-like 38 (CML38); FUNCTIONS IN: calcium ion binding; INVOLVED IN: response to wounding; LOCATED IN: plasma membrane; EXPRESSED IN: 19 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: EF-Hand 1, calcium-binding site (InterPro:IPR018247), EF-HAND 2 (InterPro:IPR018249), Calcium-binding EF-hand (InterPro:IPR002048), EF-hand-like domain (InterPro:IPR011992); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Calcium-binding EF-hand family protein (TAIR:AT1G76640.1); Has 14301 Blast hits to 11244 proteins in 1181 species: Archae - 0; Bacteria - 48; Metazoa - 5820; Fungi - 2427; Plants - 3932; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2074 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:28766909..28767442 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 20113.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.72 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 177 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKNNTQPQSS FKKLCRKLSP KREDSAGEIQ QHNSSNGEDK NRELEAVFSY MDANRDGRIS PEELQKSFMT LGEQLSDEEA VAAVRLSDTD GDGMLDFEEF 101: SQLIKVDDEE EKKMELKGAF RLYIAEGEDC ITPRSLKMML KKLGESRTTD DCRVMISAFD LNADGVLSFD EFALMMR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)