AT1G75450.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 0.975 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : cytokinin oxidase 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
This gene used to be called AtCKX6. It encodes a protein whose sequence is similar to cytokinin oxidase/dehydrogenase, which catalyzes the degradation of cytokinins. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
cytokinin oxidase 5 (CKX5); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cytokinin dehydrogenase 1, FAD/cytokinin binding domain (InterPro:IPR015345), FAD-binding, type 2 (InterPro:IPR016166), Oxygen oxidoreductase covalent FAD-binding site (InterPro:IPR006093), FAD-linked oxidase-like, C-terminal (InterPro:IPR016164), FAD linked oxidase, N-terminal (InterPro:IPR006094); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cytokinin oxidase/dehydrogenase 1 (TAIR:AT2G41510.1); Has 6615 Blast hits to 6610 proteins in 1194 species: Archae - 154; Bacteria - 4290; Metazoa - 145; Fungi - 1218; Plants - 369; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 439 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:28315248..28318064 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 60427.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 540 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNREMTSSFL LLTFAICKLI IAVGLNVGPS ELLRIGAIDV DGHFTVHPSD LASVSSDFGM LKSPEEPLAV LHPSSAEDVA RLVRTAYGSA TAFPVSARGH 101: GHSINGQAAA GRNGVVVEMN HGVTGTPKPL VRPDEMYVDV WGGELWVDVL KKTLEHGLAP KSWTDYLYLT VGGTLSNAGI SGQAFHHGPQ ISNVLELDVV 201: TGKGEVMRCS EEENTRLFHG VLGGLGQFGI ITRARISLEP APQRVRWIRV LYSSFKVFTE DQEYLISMHG QLKFDYVEGF VIVDEGLVNN WRSSFFSPRN 301: PVKISSVSSN GSVLYCLEIT KNYHDSDSEI VDQEVEILMK KLNFIPTSVF TTDLQYVDFL DRVHKAELKL RSKNLWEVPH PWLNLFVPKS RISDFDKGVF 401: KGILGNKTSG PILIYPMNKD KWDERSSAVT PDEEVFYLVA LLRSALTDGE ETQKLEYLKD QNRRILEFCE QAKINVKQYL PHHATQEEWV AHFGDKWDRF 501: RSLKAEFDPR HILATGQRIF QNPSLSLFPP SSSSSSAASW |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)