AT1G75380.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 0.657 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : bifunctional nuclease in basal defense response 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a nucleases AtBBD1 involved in ABA-mediated callose deposition. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
bifunctional nuclease in basal defense response 1 (BBD1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF151 (InterPro:IPR003729), UvrB/UvrC protein (InterPro:IPR001943); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Wound-responsive family protein (TAIR:AT1G19660.2); Has 843 Blast hits to 843 proteins in 291 species: Archae - 44; Bacteria - 501; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 105; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 193 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:28281789..28283631 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 36175.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 325 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRSVQAPVVC PAIRPRQVGA CASLVNYTGL KPRSQFWGNR TKGVKSQGTT TTITLRLCNK SIKCVFSSHS DGNGSTAENF NENDEEYVNS SVVEAVEVKS 101: GADGFMVKMR DGRQLRCVHN NPQGGHLPDY APHPAIVLKM EDGTGLLLPI IVLEMPSVLL MAAMTNVQIA RPTMYQVVKE MVDKMGYEVR LVRVTKRVHE 201: AYFAQLFLSK VGNASECVSF DLRPSDAINI AVRCKIPIQV NKYLAYSDGM RVIESGKIST PAPASDGLLF TEQDRPNGQA CLDTKEFNIL SKMMQAVDEE 301: RYDEAAEWRD KLGQFRAKRN LRKYT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)