AT1G74990.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.492 nucleus 0.255 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RING/U-box superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RING/U-box superfamily protein; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; EXPRESSED IN: 16 plant structures; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, F mature embryo stage, 4 leaf senescence stage, petal differentiation and expansion stage, E expanded cotyledon stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type, conserved site (InterPro:IPR017907), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RING/U-box superfamily protein (TAIR:AT1G19310.1); Has 4144 Blast hits to 4137 proteins in 330 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 2459; Fungi - 476; Plants - 747; Viruses - 18; Other Eukaryotes - 444 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:28159837..28160250 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 15235.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 137 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAINTITNEE DDASNNFGCN ICLELAREPI VTLCGHLFCW PCLYKWLHYH SKSNHCPVCK ALVKEDTLVP LYGMGKPSSD PRSKLNSGVT VPNRPAATRT 101: ETARPRLEQR HHGSSFFGGH SSFAAMPTGL RFSNFLL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)