AT1G74900.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 ASURE: mitochondrion What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| FP Images |
Arabidopsis cell culture (mitochondrial marker)
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
organelle transcript processing defect 43 (OTP43); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pentatricopeptide repeat (InterPro:IPR002885); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein (TAIR:AT1G77360.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:28133933..28135381 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 51726.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.49 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 453 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKRLFSKSLC TSAAGANLKP PPADSAAIAK LILSSPNTTH QDDQFLLSTK TTPWTPNLVN SVLKRLWNHG PKALQFFHFL DNHHREYVHD ASSFDLAIDI 101: AARLHLHPTV WSLIHRMRSL RIGPSPKTFA IVAERYASAG KPDKAVKLFL NMHEHGCFQD LASFNTILDV LCKSKRVEKA YELFRALRGR FSVDTVTYNV 201: ILNGWCLIKR TPKALEVLKE MVERGINPNL TTYNTMLKGF FRAGQIRHAW EFFLEMKKRD CEIDVVTYTT VVHGFGVAGE IKRARNVFDE MIREGVLPSV 301: ATYNAMIQVL CKKDNVENAV VMFEEMVRRG YEPNVTTYNV LIRGLFHAGE FSRGEELMQR MENEGCEPNF QTYNMMIRYY SECSEVEKAL GLFEKMGSGD 401: CLPNLDTYNI LISGMFVRKR SEDMVVAGNQ AFAKEILRLQ SKSGSRLLRK FRL |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)