AT1G71930.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : vascular related NAC-domain protein 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a NAC-domain transcription factor with transcriptional activation activity that is involved in xylem formation. Induces transdifferentiation of various cells into protoxylem vessel elements. Located in the nucleus. Expression induced in the presence of auxin, cytokinin and brassinosteroids. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
vascular related NAC-domain protein 7 (VND7); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: No apical meristem (NAM) protein (InterPro:IPR003441); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: vascular related NAC-domain protein 1 (TAIR:AT2G18060.1); Has 3020 Blast hits to 3015 proteins in 84 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 2; Fungi - 0; Plants - 3006; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 12 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:27076205..27077829 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 37428.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.83 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 324 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDNIMQSSMP PGFRFHPTEE ELVGYYLDRK INSMKSALDV IVEIDLYKME PWDIQARCKL GYEEQNEWYF FSHKDRKYPT GTRTNRATAA GFWKATGRDK 101: AVLSKNSVIG MRKTLVYYKG RAPNGRKSDW IMHEYRLQNS ELAPVQEEGW VVCRAFRKPI PNQRPLGYEP WQNQLYHVES SNNYSSSVTM NTSHHIGASS 201: SSHNLNQMLM SNNHYNPNNT SSSMHQYGNI ELPQLDSPSL SPSLGTNKDQ NESFEQEEEK SFNCVDWRTL DTLLETQVIH PHNPNILMFE TQSYNPAPSF 301: PSMHQSYNEV EANIHHSLGC FPDS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)