AT1G71860.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : protein tyrosine phosphatase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with tyrosine phosphatase activity that is downregulated in response to cold and upregulated in response to salt stress. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
protein tyrosine phosphatase 1 (PTP1); FUNCTIONS IN: protein tyrosine phosphatase activity; INVOLVED IN: intracellular protein kinase cascade; LOCATED IN: nucleus, plasma membrane, cytoplasm; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein-tyrosine phosphatase, active site (InterPro:IPR016130), Dual-specific/protein-tyrosine phosphatase, conserved region (InterPro:IPR000387), Protein-tyrosine phosphatase, receptor/non-receptor type (InterPro:IPR000242); Has 6497 Blast hits to 5202 proteins in 282 species: Archae - 2; Bacteria - 98; Metazoa - 5552; Fungi - 319; Plants - 71; Viruses - 173; Other Eukaryotes - 282 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:27026866..27028675 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 37801.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 340 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATGKTSSAA NLFTGSTRFD LSSADSPPSK LSLSSDQLNH CHQALGVFRG KIQNPDSIAH EFTGLQANRM WPSELLLNST VAMNSVNVEK NRYSDVVPFD 101: KNRIVLNPCK DSSAKGYVNA SLIKTSESES ISQFIATQGP LPHTMEDFWE MVIQQHCPII VMLTRLVDNN RTVKCGDYFQ DEDGPREFGN ISLTTKWIKT 201: TDTSLMLRNL EVNYKETEDQ PMSVLHIQYP EWPDHGVPKD TVAVREILKR LYQVPPSLGP IIVHCSAGIG RTGTYCAIHN TIQRILAGDM SALDLAKTVA 301: LFRKQRIGMV QTMDQYFFCY NAIVDELEDL TAGTNAGTSS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)