AT1G71440.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.960 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : tubulin folding cofactor E / Pfifferling (PFI) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes tubulin-folding cofactor E. Mutant embryos consist of one or a few grossly enlarged cells, surrounded by an endosperm that fails to cellularize and contains a few big nuclei. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
PFIFFERLING (PFI); INVOLVED IN: tubulin complex assembly, embryo development ending in seed dormancy, cytokinesis; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cytoskeleton-associated protein, CAP-Gly (InterPro:IPR000938); Has 7270 Blast hits to 6366 proteins in 489 species: Archae - 4; Bacteria - 1949; Metazoa - 3435; Fungi - 492; Plants - 819; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 571 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:26921271..26924373 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 58245.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 531 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKAESSNESF IIGQRVHSLN DSRRVGTVKY VGDVEGYSGT WIGVDWDQDG DGKHNGSVNG VFYFNGRSQS SASFVRSQNL SRGITLLQAL ELRYRTISTK 101: DEEDEMYVLS AGNRRVSIQL LGGDKIQDKL SRFEELTSAS LSYLGVSSLG VSSDLGSILP NLKLLDLTGN LISDWEEIGA LCEQLPALTT LNLSCNSLSS 201: DIKSLPQLKN IRVLVLNNSG LSWTQVEILR RSLPGIEELH LMGNMISTIT STSSSDDQAF NSLRLLNLDD NCISDWSEVL KLSQLPCLEQ LYLNKNKLSR 301: IFQSVNGTES SEKGSDPFPS LSCLLLGANN IGDLASVDAL NGFPQLVDIR LSENPISDPV RGGVPRFVLV ARLTKVQVLN GSEVRAREKK DSEIRYVRMV 401: MSKLNDKSGE IELLHPRFYE LKKLHGIEDE RASAENSGPK NIASGLISIT LKCVGPSMGE KPHLTKKLPG SITVGKLKIL SENFFKLKSI KPRLFLQEEG 501: SPFPTALDDE TATLLDVGIC DGSTLLVDEE S |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)