AT1G71370.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.998 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : DEA(D/H)-box RNA helicase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
DEA(D/H)-box RNA helicase family protein; FUNCTIONS IN: helicase activity, ATP-dependent helicase activity, nucleic acid binding, ATP binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA helicase, DEAD-box type, Q motif (InterPro:IPR014014), DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal (InterPro:IPR011545), RNA helicase, ATP-dependent, DEAD-box, conserved site (InterPro:IPR000629), DEAD-like helicase, N-terminal (InterPro:IPR014001), DNA/RNA helicase, C-terminal (InterPro:IPR001650), Helicase, superfamily 1/2, ATP-binding domain (InterPro:IPR014021); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein (TAIR:AT5G05450.1); Has 38883 Blast hits to 37973 proteins in 2981 species: Archae - 667; Bacteria - 18879; Metazoa - 5670; Fungi - 4523; Plants - 2427; Viruses - 8; Other Eukaryotes - 6709 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:26897235..26899381 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 62823.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 558 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDSSPPKTIT KALPRFSELK PPLSEDIIEA LDRSGFEVCT PVQAETIPFL CSHKDVVVDA ATGSGKTLAF LLPFIEIIRR SNSYPPKPHQ VMGVIISPTR 101: ELSAQIHKVA EPFVSTLPNV NSVLLVGGRE VEADMNTLEE EGANLLIGTP GRLSDMMKRM EFLDFRNLEI LILDEADRLL DMGFQKQVNY IISRLPKQRR 201: TGLFSATQTQ AVADLAKAGL RNAMEVISGA ESKSKTSSGL YCEYLKCEAD QKSSQLVHLL IENKNKKLVV FFMTCACVDY WGLVLSKIPT LKSISFFSTH 301: GKMDQKGRDT ALASFTEASS GVLLCTDVAA RGLDIPGIDY VVQYDPPQDP DVFIHRVGRT ARMERQGRAI VFLMPKETDY VEFMRIRRVP LQERKCSENA 401: SDVIPIIRSL AIKDRAVLEK GLQAFVSFVR AYKEHHCSYI FSWKGLEIGK LAMGYGILSF PYISEVKQDR IGIVGFTPVQ GITFEDIKYK NKSREKQRQQ 501: NLLARKDKLQ QEKRGKRKKS SKEAVDDSNK ASRKRKLTGR QRQTIQTAQD EEEMNLRL |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)