AT1G71280.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : DEA(D/H)-box RNA helicase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
DEA(D/H)-box RNA helicase family protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA helicase, DEAD-box type, Q motif (InterPro:IPR014014), DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal (InterPro:IPR011545), RNA helicase, ATP-dependent, DEAD-box, conserved site (InterPro:IPR000629), DEAD-like helicase, N-terminal (InterPro:IPR014001), DNA/RNA helicase, C-terminal (InterPro:IPR001650), Helicase, superfamily 1/2, ATP-binding domain (InterPro:IPR014021); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DEA(D/H)-box RNA helicase family protein (TAIR:AT1G71370.1); Has 32241 Blast hits to 31419 proteins in 2877 species: Archae - 296; Bacteria - 14760; Metazoa - 5495; Fungi - 4146; Plants - 2302; Viruses - 4; Other Eukaryotes - 5238 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:26870262..26872152 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 52438.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.70 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 465 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDSSPPNTII EEAPPRFSEL KPPLSEDIIE ALDRSGFEVC TPVQAETIPF LCSHKDVVVD AATGSGKTLA FLLPFIEIIR RSNSYPPKPH QVMGVIISPT 101: RELSAQIHKV ARAVRLDFAK CREVEADMNT LEEEGANLLI GTPGRLSDMM KRMEFLDFRN LEILILDEAD RLLDMGFQKQ VNYIISRLPK QRRTGLFSAT 201: QTQAVADLAK AGLRNPYLKC EADQKSSQLV HLLIENKNKK LVVFFMTCAC VDYWGLVISK IPSLKSISFF PTHGKMDQKG RDTALASFTE ASSGVLLCTD 301: VAARGLDIPG IVYIRSLAIK DREVLEKGLK AFVSFVRAYK EHQCSYIFSW KGLEIGKLAM GYGILSFPYI SEVKQDRIGI VGFTPVQGIT FEDIKFKNKS 401: REKQRQQNLL ARKDKLQQEK RGKRKKSSKE AVDDSNKASR KRKLTGRQRQ TIQTAQDEEE MNLRL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)