AT1G70980.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Class II aminoacyl-tRNA and biotin synthetases superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
SYNC3; FUNCTIONS IN: in 6 functions; INVOLVED IN: asparaginyl-tRNA aminoacylation, aspartyl-tRNA aminoacylation, translation, tRNA aminoacylation for protein translation; LOCATED IN: cytoplasm; EXPRESSED IN: male gametophyte, pollen tube; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, M germinated pollen stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Nucleic acid-binding, OB-fold (InterPro:IPR012340), Nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type (InterPro:IPR004365), Asparaginyl-tRNA synthetase, class IIb (InterPro:IPR004522), WHEP-TRS (InterPro:IPR000738), Aminoacyl-tRNA synthetase, class II, conserved domain (InterPro:IPR006195), Aspartyl/Asparaginyl-tRNA synthetase, class IIb (InterPro:IPR002312), Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) (InterPro:IPR004364), Nucleic acid-binding, OB-fold-like (InterPro:IPR016027), Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N)-like (InterPro:IPR018150); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Class II aminoacyl-tRNA and biotin synthetases superfamily protein (TAIR:AT5G56680.1); Has 17935 Blast hits to 13295 proteins in 2647 species: Archae - 620; Bacteria - 13541; Metazoa - 618; Fungi - 807; Plants - 214; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2135 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:26762339..26764394 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 63703.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 571 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGDEIVPPAN QLAADNLEND GSTVQKAQFS DRVLIRSILG GGAKLAGQKV RIGGWVKTGR QQGKGTFAFL EVNDGSCPAN LQVMVDSSLY DLSRLVATGT 101: CVTVDGVLKI PPEGKGLKQS IELSVETVIA VGTVDPTTYP LPKTKLTPEF LRDVLHLRSR TNLISAVARI RNALAFATHS FFQEHSFLYI HTPIITTSDC 201: EGAGEMFQVT TLINHTERVE QDLIDNPPPT EADVEAARLI VKERGEAVAQ LKVAKASKEE ITASVAQLSV AKASLAHVEE RLRLKPGLPK NDGKIDYSND 301: FFGRQAFLTV SGQLQVETYA CALSSVYTFG PTFRAENSHT SRHLAEFWMV EPEIAFADIH DDMNCAEAYV KYMCKWLMDK CGDDMELMDK NVDEGCTKRL 401: NMVAKASFKR VTYTEAIERL EKAVAQGKVV FDNKVEWGID LASEHERYLT EVEFDQKPII VYNYPKGIKA FYMRLNDDEK TVAAMDVLVP KVGELIGGSQ 501: REERYDVIKQ RIEEMGLPME PYEWYLDLRR YGTVKHCGFG LGFERMIQFA TGIDNIRDVI PFPRYPGKAD L |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)