AT1G70610.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : transporter associated with antigen processing protein 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of TAP subfamily | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
transporter associated with antigen processing protein 1 (TAP1); FUNCTIONS IN: ATPase activity, coupled to transmembrane movement of substances, transporter activity; INVOLVED IN: transport, transmembrane transport; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), ABC transporter-like (InterPro:IPR003439), ABC transporter, transmembrane domain, type 1 (InterPro:IPR011527), ABC transporter integral membrane type 1 (InterPro:IPR017940), ABC transporter, transmembrane domain (InterPro:IPR001140), ABC transporter, conserved site (InterPro:IPR017871); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: transporter associated with antigen processing protein 2 (TAIR:AT5G39040.1); Has 433965 Blast hits to 389325 proteins in 4163 species: Archae - 7467; Bacteria - 334124; Metazoa - 10295; Fungi - 7727; Plants - 5683; Viruses - 22; Other Eukaryotes - 68647 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:26622086..26626331 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 78043.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 700 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAQQVLGCTS RPIRVSLHRC SVITTSDTIR RKNLRFVRNP RLSFSLQSST RNYRLPSINC STVNGAVAET AEYYEGEGDN VSLAEKIRQC IDFLRTILPG 101: GSWWSFSDEV DGRFIAKPVT VWRALSRMWE LVAEDRWVIF AAFSTLIVAA LSEITIPHFL TASIFSAQSG DIAVFHRNVK LLVTLCVTSG ICSGIRGCFF 201: GIANMILVKR MRETLYSTLL FQDISFFDSQ TVGDLTSRLG SDCQQVSRVI GNDLNMIFRN VLQGTGALIY LLILSWPLGL CTLVICCILA AVMFVYGMYQ 301: KKTAKLIQEI TASANEVAQE TYSLMRTVRV YGTEKQEFKR YNHWLQRLAD ISLRQSAAYG IWNWSFNTLY HATQIIAVLV GGLSILAGQI TAEQLTKFLL 401: YSEWLIYATW WVGDNLSSLM QSVGASEKVF QMMDLKPSDQ FISKGTRLQR LTGHIEFVDV SFSYPSRDEV AVVQNVNISV HPGEVVAIVG LSGSGKSTLV 501: NLLLQLYEPT SGQILLDGVP LKELDVKWLR QRIGYVGQEP KLFRTDISSN IKYGCDRNIS QEDIISAAKQ AYAHDFITAL PNGYNTIVDD DLLSGGQKQR 601: IAIARAILRD PRILILDEAT SALDAESEHN VKGVLRSIGN DSATKRSVIV IAHRLSTIQA ADRIVAMDSG RVVEMGSHKE LLSKDGLYAR LTKRQNDAVL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)