AT1G66610.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.997 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : TRAF-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
TRAF-like superfamily protein; FUNCTIONS IN: ubiquitin-protein ligase activity, zinc ion binding; INVOLVED IN: multicellular organismal development, protein ubiquitination, ubiquitin-dependent protein catabolic process; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: sperm cell; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: TRAF-like (InterPro:IPR008974), Seven-in-absentia protein, TRAF-like domain (InterPro:IPR018121), Zinc finger, SIAH-type (InterPro:IPR013010), Seven In Absentia Homolog-type (InterPro:IPR013323), Seven-in-absentia protein, sina (InterPro:IPR004162); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Protein with RING/U-box and TRAF-like domains (TAIR:AT1G66620.1); Has 888 Blast hits to 792 proteins in 98 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 348; Fungi - 3; Plants - 515; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 22 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:24849716..24851450 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 40790.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 366 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVKGTNAEQA LAREEASSSR PKRQRVPSIV EEEGENGGGD VVVRSGTLFE LDLLDCPICC NALTIPIFQC DKGHIACSSC CTNVSNKCPY CSLAIGNYRS 101: RIMERVVEAF IVRCPIVAGE ASSSRQKRLR VPSIDEENGE NGGRDVVVPS GTLSQLDLLD CPVCSKALKI SIFQQSLFLA KRQNGCTETF SYGNELVHEK 201: KCSFALCYCP APNCNYAGVY KDLYSHYAAN HKKLWTRFSC GYSMHVCMDF ESKSLVLQQY SDGPLVVLQC FKEPPQGLFW TVNCIAPSAP GVGKFSYELS 301: YSTAGNTLTF RSSEMNRIQK VSFQTPEKDF MFIPEYILCP MGLYKGTYIC IRSLEEEEEE EEDNED |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)