AT1G66150.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : transmembrane kinase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
receptor-like transmembrane kinase I (TMK1) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
transmembrane kinase 1 (TMK1); FUNCTIONS IN: transmembrane receptor protein serine/threonine kinase activity; INVOLVED IN: signal transduction; LOCATED IN: extracellular region, plasma membrane; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein kinase, ATP binding site (InterPro:IPR017441), Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), Leucine-rich repeat, typical subtype (InterPro:IPR003591), Leucine-rich repeat-containing N-terminal domain, type 2 (InterPro:IPR013210), Leucine-rich repeat (InterPro:IPR001611), Serine/threonine-protein kinase-like domain (InterPro:IPR017442), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Leucine-rich repeat protein kinase family protein (TAIR:AT2G01820.1); Has 173049 Blast hits to 137802 proteins in 4904 species: Archae - 168; Bacteria - 18898; Metazoa - 54853; Fungi - 11361; Plants - 66018; Viruses - 436; Other Eukaryotes - 21315 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:24631503..24634415 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 102393.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 942 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKKRRTFLLF SFTFLLLLSL SKADSDGDLS AMLSLKKSLN PPSSFGWSDP DPCKWTHIVC TGTKRVTRIQ IGHSGLQGTL SPDLRNLSEL ERLELQWNNI 101: SGPVPSLSGL ASLQVLMLSN NNFDSIPSDV FQGLTSLQSV EIDNNPFKSW EIPESLRNAS ALQNFSANSA NVSGSLPGFL GPDEFPGLSI LHLAFNNLEG 201: ELPMSLAGSQ VQSLWLNGQK LTGDITVLQN MTGLKEVWLH SNKFSGPLPD FSGLKELESL SLRDNSFTGP VPASLLSLES LKVVNLTNNH LQGPVPVFKS 301: SVSVDLDKDS NSFCLSSPGE CDPRVKSLLL IASSFDYPPR LAESWKGNDP CTNWIGIACS NGNITVISLE KMELTGTISP EFGAIKSLQR IILGINNLTG 401: MIPQELTTLP NLKTLDVSSN KLFGKVPGFR SNVVVNTNGN PDIGKDKSSL SSPGSSSPSG GSGSGINGDK DRRGMKSSTF IGIIVGSVLG GLLSIFLIGL 501: LVFCWYKKRQ KRFSGSESSN AVVVHPRHSG SDNESVKITV AGSSVSVGGI SDTYTLPGTS EVGDNIQMVE AGNMLISIQV LRSVTNNFSS DNILGSGGFG 601: VVYKGELHDG TKIAVKRMEN GVIAGKGFAE FKSEIAVLTK VRHRHLVTLL GYCLDGNEKL LVYEYMPQGT LSRHLFEWSE EGLKPLLWKQ RLTLALDVAR 701: GVEYLHGLAH QSFIHRDLKP SNILLGDDMR AKVADFGLVR LAPEGKGSIE TRIAGTFGYL APEYAVTGRV TTKVDVYSFG VILMELITGR KSLDESQPEE 801: SIHLVSWFKR MYINKEASFK KAIDTTIDLD EETLASVHTV AELAGHCCAR EPYQRPDMGH AVNILSSLVE LWKPSDQNPE DIYGIDLDMS LPQALKKWQA 901: YEGRSDLESS TSSLLPSLDN TQMSIPTRPY GFAESFTSVD GR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)