AT1G66040.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Zinc finger (C3HC4-type RING finger) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
predicted to encode a protein with an N-terminal PHD domain and two RING domains surrounding an SRA domain. Attempts to isolate ORTH4/VIM4 cDNA through RT-PCR were unsuccessful and analysis of the expression of this gene is difficult since it shares 99% nucleotide identity with ORTH5/VIM2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
VARIANT IN METHYLATION 4 (VIM4); FUNCTIONS IN: zinc ion binding; LOCATED IN: cellular_component unknown; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type, conserved site (InterPro:IPR017907), Zinc finger, PHD-type, conserved site (InterPro:IPR019786), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, PHD-type (InterPro:IPR001965), SRA-YDG (InterPro:IPR003105), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957), Zinc finger, FYVE/PHD-type (InterPro:IPR011011); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Zinc finger (C3HC4-type RING finger) family protein (TAIR:AT1G66050.1); Has 6297 Blast hits to 5041 proteins in 427 species: Archae - 0; Bacteria - 14; Metazoa - 4562; Fungi - 413; Plants - 874; Viruses - 19; Other Eukaryotes - 415 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:24583820..24586681 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 68666.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 622 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAIQTQLPCD GDGVCMRCQV TPPSEETLTC GTCVTPWHVS CLLPESLASS TGDWECPDCS GVVVPSAAPG TGISGPESSG SVLVAAIRAI QADVTLTEAE 101: KAKKRQRLMS GGGDDGVDDE EKKKLEIFCS ICIQLPERPV TTPCGHNFCL KCFEKWAVGQ GKLTCMICRS KIPRHVAKNP RINLALVSAI RLANVTKCSG 201: EATAAKVHHI IRNQDRPDKA FTTERAVKTG KANAASGKFF VTIPRDHFGP IPAANDVTRN QGVLVGESWE DRQECRQWGV HFPHVAGIAG QAAVGAQSVA 301: LSGGYDDDED HGEWFLYTGS GGRDLSGNKR VNKIQSSDQA FKNMNEALRL SCKMGYPVRV VRSWKEKRSA YAPAEGVRYD GVYRIEKCWS NVGVQGLHKM 401: CRYLFVRCDN EPAPWTSDEH GDRPRPLPDV PELENATDLF VRKESPSWGF DEAEGRWKWM KSPPVSRMAL DTEERKKNKR AKKGNNAMKA RLLKEFSCQI 501: CRKVLSLPVT TPCAHNFCKA CLEAKFAGIT QLRDRSNGVR KLRAKKNIMT CPCCTTDLSE FLQNPQVNRE MMEIIENFKK SEEEAEVAES SNISEEEEEE 601: SEPPTKKIKM DNNSVGDTSL SA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)