AT1G64550.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : general control non-repressible 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of GCN subfamily | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
general control non-repressible 3 (GCN3); FUNCTIONS IN: transporter activity; INVOLVED IN: response to cadmium ion; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), ABC transporter-like (InterPro:IPR003439), ABC transporter, conserved site (InterPro:IPR017871); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ABC transporter family protein (TAIR:AT5G60790.1); Has 474431 Blast hits to 318649 proteins in 3825 species: Archae - 8686; Bacteria - 390426; Metazoa - 7720; Fungi - 5127; Plants - 4044; Viruses - 51; Other Eukaryotes - 58377 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:23968850..23973369 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 79648.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.97 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 715 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTEVASSVVY EVLGRRAQDV DEPIMDYIIN VLADEDFDFG EEGEGAFDAV GELLVAAECV SDFEECRLVC SKLSDKFGKH GLVKPTPTVR SLAMPVRMND 101: GMDDGPVKKK KPEPVDGPLL TERDLAKIER RKKKDDRQRE LQYQQHVAEM EAAKAGMPTV SVNHDTGGGS AIRDIHMDNF NVSVGGRDLI VDGSITLSFG 201: RHYGLVGRNG TGKTTFLRYM AMHAIEGIPT NCQILHVEQE VVGDKTTALQ CVLNTDIERT KLLEEEIQIL AKQRETEEPT AKDGMPTKDT VEGDLMSQRL 301: EEIYKRLDAI DAYTAEARAA SILAGLSFTP EMQLKATNTF SGGWRMRIAL ARALFIEPDL LLLDEPTNHL DLHAVLWLET YLTKWPKTFI VVSHAREFLN 401: TVVTDIIHLQ NQKLSTYKGN YDIFERTREE QVKNQQKAFE SSERSRSHMQ AFIDKFRYNA KRASLVQSRI KALDRLAHVD QVINDPDYKF EFPTPDDKPG 501: PPIISFSDAS FGYPGGPLLF RNLNFGIDLD SRIAMVGPNG IGKSTILKLI SGDLQPSSGT VFRSAKVRVA VFSQHHVDGL DLSSNPLLYM MRCYPGVPEQ 601: KLRSHLGSLG VTGNLALQPM YTLSGGQKSR VAFAKITFKK PHLLLLDEPS NHLDLDAVEA LIQGLVLFQG GICMVSHDEH LISGSVDELW VVSDGRIAPF 701: HGTFHDYKKL LQSST |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)