AT1G63900.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 0.948 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : E3 Ubiquitin ligase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
E3 Ubiquitin ligase family protein; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), E3 Ubiquitin ligase (InterPro:IPR022170); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: E3 Ubiquitin ligase family protein (TAIR:AT1G59560.1). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:23717056..23719086 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38350.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.94 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 347 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MIPWGGVTCC LSAAALYLLG RSSGRDAEVL ETVTRVNQLK ELAQLLELDS KILPFIVAVS GRVGSETPIK CEHSGIRGVI VEETAEQHFL KHNETGSWVQ 101: DSALMLSMSK EVPWFLDDGT SRVHVMGARG ATGFALTVGS EVFEESGRSL VRGTLDYLQG LKMLGVKRIE RVLPTGIPLT IVGEAVKDDI GEFRIQKPDR 201: GPFYVSSKSL DQLISNLGKW SRLYKYASMG FTVLGVFLIT KHVIDSVLER RRRRQLQKSC FCRVLDAAAK RAELESEGSN GTRESISDST KKEDAVPDLC 301: VICLEQEYNA VFVPCGHMCC CTACSSHLTS CPLCRRRIDL AVKTYRH |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)