AT1G63070.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pentatricopeptide repeat (InterPro:IPR002885); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein (TAIR:AT1G62910.1); Has 62253 Blast hits to 15158 proteins in 309 species: Archae - 5; Bacteria - 59; Metazoa - 938; Fungi - 1110; Plants - 57810; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2331 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:23385324..23387167 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 66075.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 590 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MMRSVAVIGK KCLHRHTVLL KGNPRTTLCW ERSFAGASSD DCRENLSRKV LQDLKLDDAI GLFGDMVKSR PFPSIVEFSK LLSAIAKMNK FDLVISLGEQ 101: MQNLGISHNL YTYSIFINYF CRRSQLSLAL AILGKMMKLG YGPSIVTLNS LLNGFCHGNR ISEAVALVDQ MVEMGYQPDT VTFTTLVHGL FQHNKASEAV 201: ALVERMVVKG CQPDLVTYGA VINGLCKRGE PDLALNLLNK MEKGKIEADV VIYNTIIDGL CKYKHMDDAF DLFNKMETKG IKPDVFTYNP LISCLCNYGR 301: WSDASRLLSD MLEKNINPDL VFFNALIDAF VKEGKLVEAE KLYDEMVKSK HCFPDVVAYN TLIKGFCKYK RVEEGMEVFR EMSQRGLVGN TVTYTTLIHG 401: FFQARDCDNA QMVFKQMVSD GVHPDIMTYN ILLDGLCNNG NVETALVVFE YMQKRDMKLD IVTYTTMIEA LCKAGKVEDG WDLFCSLSLK GVKPNVVTYT 501: TMMSGFCRKG LKEEADALFV EMKEDGPLPN SGTYNTLIRA RLRDGDEAAS AELIKEMRSC GFAGDASTFG LVTNMLHDGR LDKSFLDMLS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)