AT1G62800.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:peroxisome 0.593 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : aspartate aminotransferase 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes aspartate aminotransferase (Asp4). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
aspartate aminotransferase 4 (ASP4); FUNCTIONS IN: transferase activity, transferring nitrogenous groups, pyridoxal phosphate binding, transaminase activity, catalytic activity; INVOLVED IN: biosynthetic process, cellular amino acid metabolic process; LOCATED IN: cytosol; EXPRESSED IN: 19 plant structures; EXPRESSED DURING: 10 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Aminotransferase, class I/classII (InterPro:IPR004839), Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain (InterPro:IPR015424), Aminotransferases, class-I, pyridoxal-phosphate-binding site (InterPro:IPR004838), Aspartate/other aminotransferase (InterPro:IPR000796), Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1 (InterPro:IPR015421); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: aspartate aminotransferase 2 (TAIR:AT5G19550.1); Has 5813 Blast hits to 5806 proteins in 1432 species: Archae - 0; Bacteria - 3885; Metazoa - 484; Fungi - 405; Plants - 390; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 649 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:23253934..23257416 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 44603.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.72 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.07 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 405 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNSILSSVLP APEDPVLSVI FACRDDPSPV KLNLSAGTYR TEEGKPLVLD VVRRAEQQLA NDLSRDKEYL PLNGLPEFNK LSTKLILGDD SPALKENRVV 101: TTQCLSGTGS LRVGAEFLAT HNKESVIFVP NPTWGNHPRI FTLAGLSVQY FRYYDPKSRG LDFKGMLEDL GAAPPGAIVV LQACAHNPTG VDPTFEQWEK 201: IRRLVRSKSL LPFFDSAYQG FASGSLDADA QAVRMFVADG GECLIAQSYA KNMGLYGERI GSLTIVCTSE DVAKKVENQV LLVVRPMYLT PPIHGASIVA 301: TILKNSDMYN DWTIELKGMA DRIISMRQQL YAALEARGTP GDWSHIIKHI GMFTFTGLSE EQVRLMAKEY HIYMTYDGRI SMASLSSKTV PQLADAIHAV 401: VTRIA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)