AT1G62720.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 0.999 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Pentatricopeptide repeat (PPR-like) superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Pentatricopeptide repeat (PPR-like) superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pentatricopeptide repeat (InterPro:IPR002885); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein (TAIR:AT1G62680.1); Has 62070 Blast hits to 15065 proteins in 304 species: Archae - 4; Bacteria - 67; Metazoa - 643; Fungi - 921; Plants - 58400; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2035 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:23227574..23229031 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 55174.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 485 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRRSTTISIA SKANKFLNLC LLQKGNPVIV PFISRFWGRT FSTKRSSMNL EEEIDLFCKM IQSRPLPSIV DFSKVLSKIA KSKNYDLVIS LFHHMEVCGI 101: GHDLYSYNIV INCLCRCSRF VIALSVVGKM MKFGYEPDVV TVSSLINGFC QGNRVFDAID LVSKMEEMGF RPDVVIYNTI IDGSCKIGLV NDAVELFDRM 201: ERDGVRADAV TYNSLVAGLC CSGRWSDAAR LMRDMVMRDI VPNVITFTAV IDVFVKEGKF SEAMKLYEEM TRRCVDPDVF TYNSLINGLC MHGRVDEAKQ 301: MLDLMVTKGC LPDVVTYNTL INGFCKSKRV DEGTKLFREM AQRGLVGDTI TYNTIIQGYF QAGRPDAAQE IFSRMDSRPN IRTYSILLYG LCMNWRVEKA 401: LVLFENMQKS EIELDITTYN IVIHGMCKIG NVEDAWDLFR SLSCKGLKPD VVSYTTMISG FCRKRQWDKS DLLYRKMQED GLLPL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)