AT1G61700.1
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min: :max .
SUBAcon:nucleus 0.998 What is SUBAcon? |
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Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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Description (TAIR10) | protein_coding : RNA polymerases N / 8 kDa subunit | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Curator Summary (TAIR10) |
Protein of unknown function that is homologous to the At1g11475 locus that encodes a non-catalytic subunit common to nuclear DNA-dependent RNA polymerases II, IV and V. Homologous to budding yeast RPB10. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Computational Description (TAIR10) |
RNA polymerases N / 8 kDa subunit; FUNCTIONS IN: DNA-directed RNA polymerase activity, DNA binding, zinc ion binding; INVOLVED IN: transcription, DNA-dependent, transcription, regulation of transcription; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 7 plant structures; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, 4 anthesis, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA polymerases, N/8kDa subunit (InterPro:IPR000268), RNA polymerases, subunit N, zinc binding site (InterPro:IPR020789), Homeodomain-related (InterPro:IPR012287); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNA polymerases N / 8 kDa subunit (TAIR:AT1G11475.1); Has 943 Blast hits to 943 proteins in 326 species: Archae - 263; Bacteria - 0; Metazoa - 146; Fungi - 184; Plants - 71; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 276 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Protein Annotations |
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Coordinates (TAIR10) | chr1:+:22787105..22788112 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Molecular Weight (calculated) | 8173.02 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
IEP (calculated) | 4.95 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GRAVY (calculated) | -0.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Length | 71 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Sequence (TAIR10) (BLAST) |
1: MIVPVRCFTC GKVIGNKWDT YLELLQADYA EGDALDALGL VRYCCRRMLM THVDLIEKLL NYNTMEKSDP N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)