AT1G61420.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : S-locus lectin protein kinase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
S-locus lectin protein kinase family protein; FUNCTIONS IN: in 6 functions; INVOLVED IN: protein amino acid phosphorylation, recognition of pollen; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 11 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Curculin-like (mannose-binding) lectin (InterPro:IPR001480), Apple-like (InterPro:IPR003609), PAN-2 domain (InterPro:IPR013227), S-locus receptor kinase, C-terminal (InterPro:IPR021820), Serine/threonine-protein kinase domain (InterPro:IPR002290), Serine-threonine/tyrosine-protein kinase (InterPro:IPR001245), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), S-locus glycoprotein (InterPro:IPR000858), Tyrosine-protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR020635); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: S-locus lectin protein kinase family protein (TAIR:AT1G61480.1); Has 124891 Blast hits to 122927 proteins in 4589 species: Archae - 114; Bacteria - 13852; Metazoa - 46086; Fungi - 10635; Plants - 35417; Viruses - 454; Other Eukaryotes - 18333 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:22660557..22663596 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 90411.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 807 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGKKWIVFFA YLLLSSFFIS SSSAGITKES PLPIGQTLSS SNGFYELGFF NFNNSQNQYV GIWFKGIIPR VVVWVANREK PVTDSTANLA ISNNGSLLLF 101: NGKHGVAWSS GEALVSNGSR AELSDTGNLI VIDNFSGRTL WQSFDHLGDT MLPSSTLKYN LATGEKQVLS SWKSYTDPSV GDFVLQITPQ VPTQVLVTKG 201: STPYYRSGPW AKTRFTGIPL MDDTFTGPVS VQQDTNGSGS LTYLNRNDRL QRTMLTSKGT QELSWHNGTD WVLNFVAPEH SCDYYGVCGP FGLCVKSVPP 301: KCTCFKGFVP KLIEEWKRGN WTGGCVRRTE LYCQGNSTGK YANVFHPVAR IKPPDFYEFA SFVNVEECQK SCLHNCSCLA FAYIDGIGCL MWNQDLMDAV 401: QFSEGGELLS IRLARSELGG NKRKKAITAS IVSLSLVVII AFVAFCFWRY RVKHNADITT DASQVSWRND LKPQDVPGLD FFDMHTIQTA TNNFSISNKL 501: GQGGFGPVYK GKLQDGKEIA VKRLSSSSGQ GKEEFMNEIV LISKLQHKNL VRILGCCIEG EEKLLIYEFM LNNSLDTFLF DSRKRLEIDW PKRLDIIQGI 601: ARGIHYLHRD SHLKVIHRDL KVSNILLDEK MNPKISDFGL ARMYQGTEYQ DNTRRVVGTL GYMAPEYAWT GMFSEKSDIY SFGVLMLEII SGEKISRFSY 701: GKEEKTLIAY AWESWCDTGG IDLLDKDVAD SCRPLEVERC VQIGLLCVQH QPADRPNTLE LLSMLTTTSD LPPPEQPTFV VHRRDDKSSS EDLITVNEMT 801: KSVILGR |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)