AT1G60850.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : DNA-directed RNA polymerase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ATRPAC42; FUNCTIONS IN: DNA-directed RNA polymerase activity, protein dimerization activity, DNA binding; INVOLVED IN: transcription; LOCATED IN: nucleolus; EXPRESSED IN: 19 plant structures; EXPRESSED DURING: 10 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA-directed RNA polymerase, insert domain (InterPro:IPR011262), DNA-directed RNA polymerase, dimerisation (InterPro:IPR011261), DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type (InterPro:IPR011263), DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like (InterPro:IPR009025); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNA polymerase I subunit 43 (TAIR:AT1G60620.1); Has 1331 Blast hits to 1329 proteins in 354 species: Archae - 245; Bacteria - 1; Metazoa - 283; Fungi - 347; Plants - 107; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 348 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:22398078..22400155 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 41782.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 375 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVTKAEKQFA KNFNIDDLPD VPAGLPPHLK AQQTRVVSKN NAPAHTASAI YSGTYVSSTE EDDNVKLGNF YDNFKVDVVS LTKTDMEFDM IGIDAAFANA 101: FRRILIAEVP SMAIEKVLIA YNTSVIIDEV LAHRMGLIPI AADPRLFEYL SEHDQANEKN TIVFKLHVKC PKNRPRLKVL TSDLKWLPNG SELLRESENK 201: TSKPKTYTSF SCSQDSLPEF ANNPITPCDL DILIAKLAPG QEIELEAHAV KGIGKTHAKW SPVGTAWYRM HPEVVLRGEV EDELAERLVN VCPQNVFDIE 301: DMGKGKKRAT VAQPRKCTLC KECVRDDDLV DHVDLGSVKN HFIFNIESTG SLPPEVLFTE AVKILEAKCE AITDF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)