AT1G60410.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.915 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : F-box family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
F-box family protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: FBD (InterPro:IPR013596), F-box domain, cyclin-like (InterPro:IPR001810), F-box domain, Skp2-like (InterPro:IPR022364); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: F-box/RNI-like superfamily protein (TAIR:AT1G60400.1); Has 1763 Blast hits to 1723 proteins in 24 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 1763; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:22259129..22260526 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 46187.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.96 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.05 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 406 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MARTEVSGKD RLSDLPCHLL CRILSNLSTK ESVRTSVLSP RWSNLWSLVS VLDLDFQDFK GEHDMGEFID SFMEYHEELG LKLKSFNMFY DANEHLHEPF 101: VRRLNKVVRR GVCDLNIQNM VDVDVALVRM PPSLYSCATL VNLILYCVVF DHPRSKSVSL PSVKKMYFEG VKFDGDSVLE TLISHSPVLE ELTVIPHPED 201: YLEVICVRSQ SLESFRLESK RFECDNPKVE IDSPSLEFMS ICDKKPESLK IHRIGPFAEV TVDVEFDVED DDPLEISKIR KFLVGLSTFH ELTISARTLE 301: SIHDYSKVGP LPPFSNLFGL DASLVESSWE VLPAFLSCCM NLDSLVIELD CVPEMEEIKL SPVPQCVLSS LDFLQLKAPS TPSKMKLATY FRKKCTRLTK 401: MLLSGQ |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)