AT1G58450.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.979 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein; FUNCTIONS IN: peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity, binding; INVOLVED IN: protein folding; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Tetratricopeptide TPR-1 (InterPro:IPR001440), Tetratricopeptide-like helical (InterPro:IPR011990), Tetratricopeptide repeat-containing (InterPro:IPR013026), Tetratricopeptide repeat (InterPro:IPR019734), Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, FKBP-type (InterPro:IPR001179); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: rotamase FKBP 1 (TAIR:AT3G25230.1); Has 3730 Blast hits to 3559 proteins in 279 species: Archae - 0; Bacteria - 41; Metazoa - 2106; Fungi - 376; Plants - 567; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 640 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:21718014..21718916 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 18682.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.61 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 164 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNNGEKIEAA NRKKEEGNLL YKTQKYERAA KKYNKAAECI ENGKFEGGDE KQVKALRVSC FLNGAACSLK LKNFLETIVL CSEVLDIEFQ NVKALYRRAQ 101: SYIEVGDLIS AEMDINRALE ADPENREVKS LYKAMKLSKA ESDRRDAKLY ANMFALSKVR THFP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)