AT1G56330.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.500 endoplasmic reticulum 0.500 ASURE: cytosol,endoplasmic reticulum What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : secretion-associated RAS 1B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a small GTP-binding protein implicated in ER to cis-Golgi transport of other proteins. A member of ARF-like GTPase family. A thaliana has 21 members, in two subfamilies, ARF and ARF-like (ARL) GTPases. The protein is found associated to the ER and free in the cytosol. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
secretion-associated RAS 1B (SAR1B); FUNCTIONS IN: GTP binding; INVOLVED IN: ER to Golgi vesicle-mediated transport; LOCATED IN: cytosol, peripheral to membrane of membrane fraction, endoplasmic reticulum, plasma membrane; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Small GTP-binding protein (InterPro:IPR005225), Small GTPase SAR1-type (InterPro:IPR006687), ARF/SAR superfamily (InterPro:IPR006689); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: secretion-associated RAS super family 2 (TAIR:AT4G02080.1); Has 6720 Blast hits to 6718 proteins in 371 species: Archae - 2; Bacteria - 32; Metazoa - 3237; Fungi - 1226; Plants - 1080; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1143 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:21086845..21088478 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 21987.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.07 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 193 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MFLFDWFYGI LASLGLWQKE AKILFLGLDN AGKTTLLHML KDERLVQHQP TQHPTSEELS IGKIKFKAFD LGGHQIARRV WKDYYAKVDA VVYLVDAYDK 101: ERFAESKREL DALLSDEALA TVPFLILGNK IDIPYAASED ELRYHLGLTN FTTGKGKVTL GDSGVRPLEV FMCSIVRKMG YGEGFKWLSQ YIN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)