AT1G56190.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:peroxisome 0.619 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Phosphoglycerate kinase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Phosphoglycerate kinase family protein; FUNCTIONS IN: phosphoglycerate kinase activity; INVOLVED IN: glycolysis; LOCATED IN: thylakoid, mitochondrion, chloroplast, membrane; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Phosphoglycerate kinase, N-terminal (InterPro:IPR015824), Phosphoglycerate kinase (InterPro:IPR001576), Phosphoglycerate kinase, C-terminal (InterPro:IPR015901), Phosphoglycerate kinase, conserved site (InterPro:IPR015911); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: phosphoglycerate kinase 1 (TAIR:AT3G12780.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:21028622..21030454 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 42617.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 405 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAKKSVGDLN SVDLKGKKVF VRADLNVPLD DNQNITDDTR IRAAIPTIKF LIENGAKVIL STHLGRPKGV TPKFSLAPLV PRLSELLGIE VVKADDCIGP 101: EVETLVASLP EGGVLLLENV RFYKEEEKNE PDFAKKLASL ADLYVNDAFG TAHRAHASTE GVTKFLKPSV AGFLLQKELD YLVGAVSNPK RPFAAIVGGS 201: KVSSKIGVIE SLLEKCDILL LGGGMIFTFY KAQGLSVGSS LVEEDKLELA TTLLAKAKAR GVSLLLPTDV VIADKFAPDA NSKIVPASAI PDGWMGLDIG 301: PDSVKTFNEA LDTTQTVIWN GPMGVFEFEK FAKGTEAVAN KLAELSKKGV TTIIGGGDSV AAVEKVGVAG VMSHISTGGG ASLELLEGKV LPGVVALDEA 401: TPVTV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)