AT1G54210.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.856 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Ubiquitin-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
AUTOPHAGY 12 A (ATG12A); INVOLVED IN: autophagy, protein ubiquitination involved in ubiquitin-dependent protein catabolic process; LOCATED IN: cytoplasm; EXPRESSED IN: 20 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Autophagy-related protein 12 (InterPro:IPR007242); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ubiquitin-like superfamily protein (TAIR:AT3G13970.1); Has 304 Blast hits to 304 proteins in 150 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 108; Fungi - 124; Plants - 58; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 14 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:20241278..20242020 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 10571.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.61 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 96 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
1: MATESSSPSS VRKVVVHLRA TGGAPILKQS KFKIPGTDKF AKVIDFLRRQ LHSDSLFVYV NSAFSPNPDE SVIDLYNNFG FDGKLVVNYA CSMAWG | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)