AT1G53930.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.965 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Ubiquitin-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Ubiquitin-like superfamily protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ubiquitin subgroup (InterPro:IPR019956), Ubiquitin conserved site (InterPro:IPR019954), Ubiquitin (InterPro:IPR000626), Ubiquitin supergroup (InterPro:IPR019955); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: polyubiquitin 10 (TAIR:AT4G05320.6); Has 11184 Blast hits to 6096 proteins in 709 species: Archae - 0; Bacteria - 19; Metazoa - 4709; Fungi - 1331; Plants - 2917; Viruses - 171; Other Eukaryotes - 2037 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:20140411..20140887 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 17852.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 158 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDGKTRINLE VDSSKTVNLK IDEDPTISQN IPPDILHGKV MHLSINTVDK NTMINLEVDS SKTIDLNIGE NPTGGYNGPD FRHEVMFIFI KTLTGRRIVL 101: EVENCDTIEN IKAKIQDKQG IPVDQQRLIF KGKQLEDGLT LADYNIQNDS ILHLIKRL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)