AT1G53830.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 ASURE: extracellular What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : pectin methylesterase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a pectin methylesterase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
pectin methylesterase 2 (PME2); FUNCTIONS IN: pectinesterase activity; INVOLVED IN: cell wall modification; LOCATED IN: extracellular region, plant-type cell wall; EXPRESSED IN: sepal, flower, root, carpel; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pectinesterase, active site (InterPro:IPR018040), Pectin lyase fold/virulence factor (InterPro:IPR011050), Pectinesterase, catalytic (InterPro:IPR000070), Pectinesterase inhibitor (InterPro:IPR006501), Pectin lyase fold (InterPro:IPR012334); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: pectin methylesterase 3 (TAIR:AT3G14310.1); Has 3028 Blast hits to 2957 proteins in 336 species: Archae - 6; Bacteria - 620; Metazoa - 1; Fungi - 201; Plants - 2174; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 26 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:+:20098562..20100745 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 64176.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 587 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAPIKEFISK FSDFKNNKKL ILSSAAIALL LLASIVGIAA TTTNQNKNQK ITTLSSTSHA ILKSVCSSTL YPELCFSAVA ATGGKELTSQ KEVIEASLNL 101: TTKAVKHNYF AVKKLIAKRK GLTPREVTAL HDCLETIDET LDELHVAVED LHQYPKQKSL RKHADDLKTL ISSAITNQGT CLDGFSYDDA DRKVRKALLK 201: GQVHVEHMCS NALAMIKNMT ETDIANFELR DKSSTFTNNN NRKLKEVTGD LDSDGWPKWL SVGDRRLLQG STIKADATVA DDGSGDFTTV AAAVAAAPEK 301: SNKRFVIHIK AGVYRENVEV TKKKTNIMFL GDGRGKTIIT GSRNVVDGST TFHSATVAAV GERFLARDIT FQNTAGPSKH QAVALRVGSD FSAFYQCDMF 401: AYQDTLYVHS NRQFFVKCHI TGTVDFIFGN AAAVLQDCDI NARRPNSGQK NMVTAQGRSD PNQNTGIVIQ NCRIGGTSDL LAVKGTFPTY LGRPWKEYSR 501: TVIMQSDISD VIRPEGWHEW SGSFALDTLT YREYLNRGGG AGTANRVKWK GYKVITSDTE AQPFTAGQFI GGGGWLASTG FPFSLSL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)