AT1G53780.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.500 nucleus 0.500 ASURE: cytosol,nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : peptidyl-prolyl cis-trans isomerases;hydrolases;nucleoside-triphosphatases;ATP binding;nucleotide binding;ATPases | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
peptidyl-prolyl cis-trans isomerases;hydrolases;nucleoside-triphosphatases;ATP binding;nucleotide binding;ATPases; FUNCTIONS IN: in 6 functions; INVOLVED IN: protein folding, protein catabolic process; LOCATED IN: membrane; EXPRESSED IN: leaf; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), ATPase, AAA-type, core (InterPro:IPR003959), Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, cyclophilin-type (InterPro:IPR002130), Cyclophilin-like (InterPro:IPR015891), ATPase, AAA-type, conserved site (InterPro:IPR003960), 26S proteasome subunit P45 (InterPro:IPR005937); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: regulatory particle triple-A 1A (TAIR:AT1G53750.1); Has 32848 Blast hits to 30585 proteins in 3159 species: Archae - 1478; Bacteria - 10290; Metazoa - 6090; Fungi - 3965; Plants - 3383; Viruses - 25; Other Eukaryotes - 7617 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:20074212..20077235 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 66807.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 598 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASFGENLNA SQFYITLCDD LDCLDGKYTV FGKITSGFET LTCIAKASVD AKNRPNKDIR IRHTYILTDP FDDPPQLAKM IPDASPKGKP KVEVTDDMQP 101: REDWDIRDAE FDFLELNEAF AEMAANPVEV AINSMIIRDI MEDPENEGPH NMRSDFEPLL SVLRLRDYET GDIIEFDSTE ASEEALSDIT EFGSTEASEA 201: HFEEPYSARI KKVEKEINEL AEKICNLGIK ESDTGLAPPN QWDLVSDKQM MQEEQPLLVA TCTQIISPNT EDAKYVVDIK KIGKYVVGLG DKASPTDIEA 301: GMRVGVDQKK YQIQIPLPPK IDPSVTMMTV EEKPDATYSD IGGCKEQIEK IREVVELPML HPEKFVRLGI DPPKGVLCYG PPGSGKTLVA RAVANRTGAC 401: FIRVVGSELV QKYIGEGARM VRELFQMARS KKACILFFDE IDAIGGARFD DGVGSDNEVQ RTMLEILYQL DGFDARGNIK VLMATNRPDI LDPALLRPGR 501: LDRKVEFCLP DLEGRTQIFK IHTRTMSCER DIRFELLAGL CPNSTGADIR SVCIEAGMYA IGARRKSVTE KDFLDAVNKV VKGYQKFSAT PKYMAYYI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)