AT1G53650.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : CTC-interacting domain 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
RNA-binding protein, putative, similar to RNA-binding protein GB:AAA86641 GI:1174153 from (Arabidopsis thaliana).Contains PAB2 domain which facilitates binding to PABC proteins. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
CTC-interacting domain 8 (CID8); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677), Ataxin-2, C-terminal (InterPro:IPR009818); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: CTC-interacting domain 9 (TAIR:AT3G14450.1); Has 4564 Blast hits to 3628 proteins in 293 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 2619; Fungi - 543; Plants - 1016; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 386 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr1:-:20029262..20031243 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34683.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 314 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAAITEMATD SNDVINDGGT GDGIEKSTDS KPEIESDDLK PKSKPEYDQM KKLVAMFKKL NPEAKEFFPS YKRNTNQSDD FVIAIKPSGE DNKKVAINRR 101: RRNNYNQGRR VRLPGRASKA QREDSIRRTV YVSDIDQSVT EEGLAGLFSS CGQVVDCRIC GDPNSVLRFA FVEFSDDQGA RSALSLGGTM IGYYPVRVLP 201: SKTAILPVNP TFLPRSEDER EMCSRTIYCT NVDKNATEDD VNTFFQSACG EVTRLRLLGD QVHSTRIAFV EFAMAESAVA ALNCSGIVLG SQPIRVSPSK 301: TPVRSRITRS PSPN |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)